Праздник был учрежден в 1997 году по инициативе Центра охраны дикой природы и Всемирного фонда дикой природы. Выбор экологов для проведения Дня заповедников и национальных парков пал на эту дату – 11 января – не случайно. Именно в этот день в 1916 году в Бурятии был создан первый в Российской империи государственный заповедник, получивший название Баргузинский. Его целью стало сохранение популяции баргузинского соболя и других животных на Байкале. Сегодня этот заповедник является составной частью объекта всемирного природного наследия «Озеро Байкал».
Всего в России насчитывается 103 заповедника общей площадью более 33 миллионов гектаров (это 1,58% от общей территории страны) и 35 национальных парков общей площадью около 7 миллионов гектаров (0,41% от территории страны), а сохраняют они 80% видового богатства растительного и животного мира.
В Республике Дагестан с 9 января 1987 г. функционирует государственный природный заповедник «Дагестанский». Он является природоохранным, научно-исследовательским и эколого-просветительским учреждением федерального значения, имеющим целью сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, генетического фонда растительного и животного мира, отдельных видов и сообществ растений и животных, типичных и уникальных экологических систем.
С 2009 года в состав заповедника входят 3 федеральных заказника (Самурский, Тляратинский, Аграханский), Горно-ботанический сад Российской академии наук, 12 заказников республиканского значения, горный ботанический сад «Гунибское плато», аквапарк «Озеро Ак-Гель», 26 памятников природы республиканского и местного значения, округ горно-санитарной охраны лечебно-столовых минеральных источников «Рычал-Су», природный парк «Ицари».
Общая площадь, занятая особо охраняемыми природными территориями, составляет более 600 тыс. га и распределена следующим образом: заповедники — 0,4 % территории Дагестана, заказники федерального и республиканского значения — 10,4 %. 22 декабря 2011 г. распоряжением Правительства РФ принята Концепция развития системы особо охраняемых природных территорий (ООПТ) федерального значения на период до 2020 г. Согласно этому документу, на 2018 год намечено создание Самурского национального парка.