Юсуф родился и вырос в богатой семье Клычевых, получил хорошее по тому времени образование в родном ауле. Аксайский медресе считался одним из лучших.
Учился он хорошо, жил как простой муталим. Известный дагестанский ученый и мыслитель Али Каяев отмечает, что Юсуф Яхсайский был одним из крупных ученых и богословов в Дагестане, имел прекрасные работы по арабским наукам и философии, в частности по логике и диалектике. Некоторые рукописи, комментарии и пометки Юсуфа сохранились на руках дагестанских алимов.
Юсуф был признанным знатоком медицины, искусным врачом. При сложных заболеваниях и тяжелых ранениях многие жители плоскостного Дагестана обращались к нему. Об этом свидетельствуют переписка кумыкских алимов и живое предание. По словам М.Гайдарбекова, врачеванием занимались сыновья и внуки Юсуфа.
М.Гайдарбеков пишет, что Юсуф в совершенстве знал арабский язык и славился этим во всем Дагестане. Кроме арабского, он знал турецкий, персидский и русский языки. Об этом пишет и Али Каяев. Юсуф значительное время являлся шариатским кадием в своем ауле. В 1833-1834 годах он по приглашению служил кадием в царской гвардии в Санкт-Петербурге. Здесь он познакомился с татарскими и русскими учеными, осознал величие и мощь России. Юсуф призывал горцев приобщиться к европейско-русской культуре, не отказываясь от своей, родной. Он придерживался, как и выдающийся татарский просветитель Ш.Марджани, мнения, что ислам не запрещает изучать европейские и русский языки, приобщиться к иноязычному просвещению.
Юсуф вместе со своим сыном Муса-Гаджи два раза совершал паломничество в Мекку. В этот период он встречался со многими мусульманскими алимами, в том числе с алимами ал-Азхар — авторами учебных пособий по различным наукам, а также с известным для дагестанских алимов Ибрагимом ал-Баджури (ум.1860 г.). Между ними завязалась полемика. Она показала высокие знания Юсуфа, что вынудило Ибрагима ал-Баджури выразить в письме благодарность богу за то, что в далеком от арабских стран Дагестане родились такие ученые-арабисты, как Юсуф Яхсайский. Юсуф Кади имел медресе в своем имении в Казах Мурза Юрте, где наряду с ним преподавали и другие алимы. Все знатоки мусульманского просвещения в Дагестане отмечают его необычайную преданность педагогической и просветительской деятельности. Он целыми днями работал с учениками. Попасть в его медресе считалось счастьем для муталимов.
Пребывание в Петербурге и в мусульманских культурных центрах и знакомство с достижениями науки и культуры обоих миров убедило, видимо, его в превосходстве европейско-русской культуры. Ведь Петербург приобщался к европейской культуре, ориентировался на ее достижения в естественных науках и в философской мысли. М.Гайдарбеков считает, что эти обстоятельства явились причиной того, что Юсуф был и остался ярым противником движения горцев.
Юсуф приводил основательные аргументы, почему он выступает против движения: 1) положение шариата запрещает джихад слабых против сильных; 2) он подчеркивал, что Россия — мощная страна и что борьба против нее приносит только страдания и гибель горцам. Поэтому он старался отговаривать имама от такого рискованного мероприятия всеми средствами, начиная от методов убеждения и кончая методами поношения и оскорбления». Затем у них сложились враждебные отношения с ним.
Имя Юсуфа стало особо популярным, поскольку он использовал свой выдающийся талант против имамов.
Другим аргументом против движения служили для Юсуфа соображения, что двоевластия в халифате нельзя допустить. Он считал, что есть халиф — властелин и покровитель правоверных мусульман турецкий Султан.
Юсуф был гордым человеком, и все, что он делал и говорил, казалось ему чуть ли не единственно верным и истинным. Ученый часто вступал в устную и письменную дискуссию со многими учеными Дагестана по политическим и шариатским вопросам. Известны его дискуссии с Махди Мухаммедом из Согратля, Муртазали из Орода, Мухаммед Тахиром и Гази-Мухаммедом из Караха, Али Гаджи из Кумуха, Нурмагомедом из Хунзаха и др.
Касаясь этой стороны творчества Юсуфа, М.Гайдарбеков отмечает его красноречивость и логичность, с одной стороны, пронизанность высокомерием, с другой. Ученые Дагестана считали Юсуфа одним из самых талантливейших поэтов, писателей и ученых. Али Каяев характеризует его как человека, обладающего природным поэтическим талантом на арабском языке, а Гайдарбеков — как мастера литературного слова, обладающего богатым запасом слов. Его стихи и талант признают даже враги, — пишет Гайдарбеков, — он обладал пальмой первенства в Дагестане по стилистике. Юсуф не признает терминологический язык, которым писали свои стихи многие дагестанцы, пользовался отточенным арабским классическим литературным языком. Он был новатором в стихосложении, смелым в мыслях. У него были острый язык и меткое зрение. Он лучше и раньше видит пороки, чем достоинства.
Как отмечалось, Юсуф и прозаик. Столь же плавны и отточены его письма, послания и статьи. Он отдавал предпочтение сатире, где проявлял особо выдающийся талант. Но у него сатира часто смешивается с жанрами элегии и самовосхваления. Поэт обладает и другими жанрами, имеет дидактические и описательно аскетические стихи и т.д.
Юсуф был набожным человеком и, будучи кадием, талантливым и авторитетным богословом, делал немало для усиления влияния ислама в Дагестане.
Умер Юсуф в 1871 году, и по его завещанию похоронен в сел. Казах Мурза Юрте. На могиле установлен художественно выполненный камень с красноречивыми стихами назидательного и кающегося характера, написанные им для этой цели.
В заключение хочется подчеркнуть, что его деятельность и воззрения не были свободны от противоречий. Но это не отменяет того, что он был выдающимся ученым, поэтом, просветителем и общественным деятелем своего времени в Дагестане. Юсуф, будучи талантливым и влиятельным мыслителем и общественно-политическим деятелем, сделал много для просвещения населения, пропаганды ислама, трезвого подхода к жизни и дружбы с Россией.