Спустя 4 года Магомедали вновь возвращается к преподавательской деятельности, его назначили преподавателем в учебном центре при МВД РД, где он проработал вплоть до 1988 года. Принимая во внимание его профессионализм, подготовленность и умение руководить, в 1988 году Алиева назначают начальником Цунтинского ОВД, где он проработал до 1992 года.
В последующем Магомедали Алиев занимал ряд высоких должностей в системе МВД РД. Он был требовательным к себе и подчиненным. Куда бы его ни направляли, особое внимание он уделял повышению профессионализма своих подчиненных работников. В результате принимаемых мер количество нарушений дисциплины и законности среди его подчиненных значительно снижалось.
За период службы в правоохранительных органах М.Алиев зарекомендовал себя как умелый, решительный и ответственный руководитель. Принимая во внимание его опыт и личные качества, в июне 2006 года Магомедали Алиева назначают начальником Унцукульского ОВД. Этот район был и пока остаётся одним из самых сложных в оперативном отношении в Республике Дагестан.
Новый начальник активно взялся за работу, были раскрыты многие тяжкие и особо тяжкие преступления. Под его непосредственным руководством 8 марта 2007 года в ходе оперативно-разыскных мероприятий были обнаружены и задержаны 3 активных члена НВФ. Такая активная деятельность нового начальника пришлась не по вкусу руководству бандитских формирований. Они решились на крайние меры.
15 июня 2007 года в посёлке Шамилькала Унцукульского района в подъезде дома №17 раздался взрыв. Бомба была вмонтирована в электрощит на лестничной площадке третьего этажа. Она сработала в момент выхода из своей квартиры Магомедали Алиева и сопровождающего его сотрудника милиции. От полученных множественных осколочных ранений М.Алиев скончался на месте.
В МВД республики не забывают родственников сотрудников милиции, павших от рук бандитов. Вчера вдову Магомедали Алиева посетила делегация по главе с заместителем министра ВД по РД Сагадуллой Мугутдиновым. Ей вручён орден "Мужества", который был присвоен её мужу за проявленную смелость, героизм и отвагу.