Объект федерального значения

Общая площадь заповедника составляет 19 061 га, в том числе участок «Кизлярский залив» 18 485 га и участок «Сарыкумские барханы» 576 га. На прилегающих к заповедным участкам землях и водном пространстве созданы охранные зоны с ограниченным режимом пользования общей площадью 21 065 га, в том числе в Кизлярском заливе 19 890 га и на бархане Сарыкум 1175 га.

Заповедник является природоохранным, научно-исследовательским и эколого-просветительским учреждением федерального значения; цель его – сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, генетического фонда растительного и животного мира, отдельных их видов и сообществ, типичных и уникальных экологических систем.

Земля и её недра, воды, растительный и животный мир, находящиеся на территории заповедника, предоставлены в пользование-владение заповеднику на правах, предусмотренных соответствующими федеральными законами. Их изъятие или иное прекращение прав на них запрещается. У заповедника имеются государственные акты на право пользования землей. Земельные участки заповедника поставлены на кадастровый учет.

В 2009 году приказами Министерства природных ресурсов и экологии России все три федеральных заказника, расположенных на территории Республики Дагестан (Аграханский, Самурский и Тлярятинский), были переданы в состав государственного природного заповедника «Дагестанский» в том же статусе.