Согласно материалам уголовного дела, по указанию Магомедова его охранники 3 августа 2006 года в придорожном кафе совершили покушение на заместителя руководителя управления Федерального казначейства по Кизилюртовскому району Мирзу Сиражудинова. В результате погиб сам Сиражудинов и его малолетний сын. Ранения получил хозяин заведения.
Как считает следствие, таким образом Магомед Магомедов отомстил Сиражудинову за неудавшееся покушение на него в 2005 году. Тогда был убит его племянник Магомед Шейхов.
Следствие полагает, что после этого Магомедов из охранявших его сотрудников милиции, вневедомственной охраны, а также инкассаторов создал банду и предоставил им оружие. И ответное преступление было совершено людьми, которых чиновник вооружил.
Обвинение в растрате связано с хищением в 2017–2020 годах 38 комплектов спортивной формы на общую сумму 460 189 руб. По данным следствия, Магомед Магомедов действовал не один, а в составе организованной группы, в которую входили трое сотрудников Министерства спорта.
В то же время Следственный комитет снял с Магомедова обвинение в финансировании терроризма. Дело по этому эпизоду было закрыто за недоказанностью обвинения.
Напомним, на стадии предварительного следствия Магомедову предъявили обвинение по ч. 2 ст. 205.1 УК (содействие террористической деятельности с использованием должностного положения). По данным уголовного дела, он якобы в 2009 году передал 100 тысяч долларов криминальному авторитету и депутату Магомедхабибу Магомедалиеву, ликвидированному в 2013 году, для финансирования гимринской диверсионно-террористической группы. Такие показания дал один из участников группы, а также секретный свидетель, сотрудник ФСБ.
Магомед Магомедов все обвинения в свой адрес отрицает. По его словам, нанять охранников он был вынужден по указанию тогдашнего главы Дагестана после очередного, второго по счету, покушения на него в 2005 году.
Он также заявил, что у него не было мотива для убийства Мирзы Сиражудинова. Как признался Магомедов, у него был конфликт с главой Кизилюртовского района Абдурахманом Гаджиевым, которого связывали с Сиражудиновым тесные деловые отношения. Но в июне 2006 года Сиражудинов прислал к нему своих представителей, чтобы примириться, а он предложил ему сделать это через старейшин и муфтият.